五天后，水师舰队抵达了台湾淡水港1,。

回来台湾之后，岳云便立刻召集岛内众官员和军队中都指挥使以上级别军官，在台北城府衙前的广场上宣读了朝廷的圣旨，称海外都护府正式建立，府衙就设在台北城内，将原来的台湾府衙改为海外都护府府衙。

同时，岳云宣布由于台湾府升格为海外都护府，加上现在辖区已不止台湾一地，还包括吕宋州、琉球群岛和日本的迩摩郡、鹿儿岛、横滨城，所以要对机构设置进行重新安排。

海外都护府设大都督一名，由岳云担任，下设内政部、财政部、外交部、情报部、科技部、国防部六大部门。

内政部主要负责都护府内的民生、道路维修、城池建设、码头维护、矿产开采、人员登记管理，协调内部各州县的事务。部长由刘一宁担任。

财政部主要负责都护府内的收税、收支预算、财政拔款等事务。由李雨柔任部长。

外交部主要负责与都护府外的国家和地区联系交往，包括签订条约、对外贸易，保护都护府民众在他国的利益等。部长由薜源担任。

情报部主要负责收集海外都护府的内部及国外的情报。部长由巩月漓担任，分为对内调查司和对外情报司，分由巩义和巩勇担任司长1,。

科技部是由原来财政部下属的火器制造局提升而来的，主要负责各项科技的研发，及兵器、船只制造。岳云特地交给情报部一个任务，就是搜罗那些精通奇技淫巧的匠人，想方设法挖到台湾来。科技部的部长由陈规担任，目前只设了武器制造局、造船厂、农作物研究院三大机构，分由苏永贵、高宣和陈旉任负责人。

国防部主要负责士兵招募训练、保卫海外都护府的领土不受侵犯，按都护府的命令承担对外作战任务。部长由虞允文担任。下分陆军和海军两大兵种。

陆军都统为张宪。分为骑兵军、步兵军和火器军，分由岳雷、陆文龙和关铃任统制。

海军分为北海舰队和南洋舰队。

北海舰队的主要作战范围为高丽、日本、金国及台湾以北的江浙、琉球一带沿海区域，舰队司令由杨月担任。下属三大驻防舰队，分别是日本驻防舰队、琉球驻防舰队和台湾本土驻防舰队。其中台湾本土驻防舰队司令由杨月兼任，而日本驻防舰队司令和琉球驻防舰队司令则由吕浩、宋忠担任。

南洋舰队的主要作战范围则包括岭南沿岸，以及吕宋、安南、占城、马六甲、三佛齐等在内的南洋诸国沿海区域。舰队统
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